Цитата Astronom (

)
1. Что является подтверждением того, что физлицо нерезидент?
Отсутствие прописки на территории ДНР или Адресной справки. Как ваш арендодатель будет договор регистрировать? В какую налоговую он пойдет?Цитата Astronom (

)
2. Следует ли в самом договоре указывать статус сторон?
Указывайте. Для того, что бы объяснить - почему вы удерживаете 30%.Цитата Astronom (

)
3. При перечислении дохода такому физлицу следует уплатить 30% подоходного налога?
122.3.6. суммы от сдачи нерезидентом имущества в лизинг, аренду(субаренду), сдачи жилой и нежилой недвижимости в аренду – 30 процентов;
Цитата Astronom (

)
4. При перечислении дохода нужно ли еще уплачивать 20% налога на прибыль от суммы выплаченного дохода?
Причем здесь налог на прибыль к нерезиденту физическому лицу?
Уплатив 30%, вы можете свободно включать аренду в свои ВР.Цитата Astronom (

)
5. В договоре указана сумма аренды. Подоходный налог 30% удерживается из этой суммы и физлицо получает доход уже за минусом подоходного?
10000 (сумма указываемая в договоре) - 30%(ставку лучше тоже прописать в договоре) = 3000 - НДФЛ в бюджет,
10000-3000=7000 - на руки.Цитата Astronom (

)
Что делать, если сумму, указанную в договоре физлицо получало полностью, но при этом подоходный был уплачен (например, сумма аренды 100 руб. Физлицо получало 100 руб, в бюджет платили 100*30%=30 рублей)
Какими документами было подтверждено, что нерезидент получил деньги?
Если это были какие-то квитанции, то лучше переписать их. И объяснить арендодателю, что он получал завышенную сумму и уменьшить следующую сумму аренды на сумму переплаты.
В кассе предприятия лучше сделать возврат от арендодателя, как ошибочно перечисленные деньги.